明嘉靖《光山县志》载“该山又名莲塘山。”

三国之后数百年，到了南宋时期，宋理宗昏聩无能，朝廷吏治腐败，一官吏仕途失意，隐入此山为僧，自号“大士航”。修一大庙（今称“老庙”，遗迹尚存），并于庙侧掘塘种莲，以供观赏，称“莲极庵”，名其山曰“莲塘山”。后广收门徒，又于四周纵横数十里的山间陆续修建七十二座寺庵，庵前修塘植藕，后人称之为“七十二莲塘”，并以此闻名于世。随着徒侣增加，莲塘山逐渐形成上、中、下三莲塘。

莲极庵为总法堂，宏阔壮丽，每次开讲设百余座位。其次则义仁庵、广佛寺、中禅堂、慈云庵、法雨庵、千佛寺、鹫峰庵，皆局势宏敞，为众僧说法处。莲极庵说法与净居寺之禅宗风者有别，专以济世救人为宗旨，发普度众生宏愿。

其说莲极庵之意曰：莲花出于污泥而一尘不染，有水以澄清也。人能将贪、嗔、痴、爱、杀、盗、邪、淫诸恶一切澄清下去，此身已到了极乐世界，吾莲极庵即西方之净土也。

其说莲塘山之意曰：四海无一块净土，人民陷于水火涂炭，无安身之地，惟入吾山。从吾教者，吾能康济之。

其说护国庵之意曰：国之亡矣，亡国之祸是大众所亲受的，试问何以亡国？还不是那一党奸邪自私自利，泱国害民所以致此。到今日，国亡家破，要在此山中自谋生活，自学成才，自然比公刘居幽，太王歧迁还要吃苦，而山中毫无纲纪何以能共谋生存，是儒修身齐家，治国之道不可不讲。

端平元年（1234年），南宋会合蒙古灭金后，蒙古军即向南宋连续用兵。时任枢密院副都承吴渊受命创办团练。

史载：朝廷付渊以光、丰、蕲、黄之事，凡创司空山燕家山金刚台三大砦、嵯峨山膺山什子山等二十二小砦，团丁壮置军，分立队伍，星联棋布，脉络贯通，无事则耕，有警则御。

大士航藉此机会于屯田，安顿流民，辟东、西教场，教之以守御之法。东教场建千佛庵，取佛光普照也；西教场建鹫峰庵，取灵鹫能导声也。

后理宗亡，山寨僧俗人心能固结。至此，莲塘山声名远播，成为豫南的佛教圣地。山上极盛时期，有僧尼数千人，信众不计其数。

历元、明两代，七十二莲塘逐渐衰落，不复往日盛况。

明朝末期，一批既反李自成，又心怀反清复明的官宦人家，陆续从京城来到莲塘山隐居，恐清政府察觉他们是明朝旧臣，对他们实行严厉打击，于是，男性削发为僧，女性落发为尼，成为化外之人，再次推动了莲塘山佛教的发展。