1945年9月11日，东条英机被英美等国列为头号战犯，当他看到盟军警察冲进院子，准备逮捕自己的时候，东条英机转身进入到屋里，用当年希特勒送给他的瓦尔特自动手枪向心脏开枪，以求体面死法，盟军警察听到枪声后，立即冲入屋子，马上输血救活了东条英机。
东条英机在此之前曾让自己的私人医生在用炭笔在自己胸口的心脏部位画了一个很大的圆圈，这是他的心脏地位，开枪时由于他是个左撇子，而且心脏是属于畸形，因此子弹并没有打到心脏上，而是打穿了肺部，当警察发现他后，对他进行了救治，三个月后，东条英机伤愈后被送往日本东京巢鸭监狱。
在进行最后的审判前，东条英机在监狱过了人生最后一段时光，他有一定的人身自由，在监狱里相当于软禁而已，他可以吸烟，可以看书
在二战期间，日本所犯下的所有罪行，包括用生化武器，虐待俘虏等全部是由东条英机所授意，因此他要为此负最首要责任，1946年-1948年，远东国际军事法庭对日本战犯进行了审判，包括东条英机在内的7名甲级战犯，这七名战犯分别为，东条英机、松井石根、武藤章、坂垣征四郎、广田弘毅、木村兵太郎、土肥原贤二
这其中的松井石根所率领的军队则是南京大屠杀的主要战犯。而在法庭对此总结后，列出了55项罪名，东条英机一人就占了54条，1948年12月12日，法庭宣布“东条英机， 65岁，东京人，历任陆军大将、陆相、内相、首相、参谋总长，处绞首刑。”
12月23日凌晨，东条英机被执行绞刑
